W 1989 r., po wyborach 4 czerwca, Kiszczak został na krótko premierem, ale gdy jego rząd nie zdołał uzyskać większości, ustąpił. Został ministrem spraw wewnętrznych w pierwszym niekomunistycznym rządzie Tadeusza Mazowieckiego. Zachowywał się lojalnie wobec nowej władzy - ale równocześnie nadzorował niszczenie teczek SB.