Początki Wiosną 1882 r. Benjamin Bilse ogłosił, że zabierze swoją orkiestrę na tournée do Warszawy -czwartą klasą. Jego 54 muzyków uznało, że już czas ogłosić własną niezależność. Początkowo też świeżo utworzony, ale już samodzielny zespół, nie radził sobie zbyt dobrze ze swoją nową sytuacją ekonomiczną, ale jego kłopoty skończyły się, gdy orkiestrę objął w 1887 roku agent Hermann Wolff. Zmienił on nazwę grupy na Berliner Philharmonisches Orchester i zapoczątkował tradycję wybierania na kierownika artystycznego najlepszego w opinii członków orkiestry dyrygenta danych czasów.
Wielcy dyrygenci w historii Orkiestry Hans von Bülow dokonał właśnie przemiany Meiningen Court Orchestra w prawdziwie mistrzowski zespół, gdy w 1889 roku zaproponowano mu kierownictwo nad Berliner Philharmoniker. Oferta została przyjęta. W ciągu zaledwie pięciu lat stworzył z Filharmoników zespół, którego charakterystyczny styl muzyczny jest pielęgnowany do dzisiaj. Sposób pracy Bülowa oddziaływał również i na jego następców.
Arthur Nikisch, który objął stanowisko w 1895 roku, odznaczył swoje artystyczne piętno na sposobie
gry orkiestry na następne 27 lat. Nikisch twierdził, że "każdy członek mistrzowskiej orkiestry musi być jako jednostka wybitnym artystą". Ta zasada sprawiła, że Berliner Philharmoniker zasłynęli z wirtuozerii i pewności siebie - te cechy stały się później znakiem rozpoznawczym zespołu.
Po śmierci Nikischa w 1922 roku, orkiestra jednomyślnie wybrała na jego następcę Wilhelma Furtwänglera. Młody dyrygent nie tylko nawiązywał do osiągnięć swoich poprzedników, ale również je rozwijał. Jego niepowtarzalna technika dyrygowania i pełne namiętności podejście do muzyki wymagało bardzo wysokiego poziomu artystycznego od członków orkiestry i dużej wrażliwości muzyków. Za czasów Furtwänglera Berliner Philharmoniker zyskali miano legendarnych interpretatorów Beethovena, Brahmsa i Brücknera. Jednocześnie Furtwängler poszerzył repertuar o współczesnych kompozytorów: Schönberga, Hindemitha, Prokofiewa i Strawińskiego. Dzięki wielu zagranicznym tournées, Berliner Philharmoniker zyskali w tym czasie międzynarodową sławę i miano jednego z najlepszych zespołów muzycznych na świecie.
Czas wojny Reżim wojenny przyniósł nieodwracalne szkody dla krajobrazu kulturowego Europy - w tym także dla Berliner Philharmoniker. Polityka rasowa rządu III Rzeszy doprowadziła do utraty wielu wybitnych muzyków, a orkiestra została pozbawiona możliwości włączenia do zespołu artystów pochodzących z zagranicy. Równocześnie rząd uczynił z Berliner Philharmoniker narzędzie oficjalnej polityki. Niemniej Furtwänglerowi i orkiestrze udało się zachować artystyczną substancję zespołu.
W dniu 26 maja 1945 r. Berliner Philharmoniker dała swój pierwszy koncert po wojnie, pod dyrekcją Leo Borcharda. W sierpniu Borchard został przypadkowo zastrzelony, a kierownictwo artystyczne objął młody rumuński dyrygent - Sergiu Celibidache. Żywiołowy temperament Celibidache i szeroki repertuar podziałały na zespół inspirująco.
Wilhelm Furtwängler, po latach wrócił do prowadzenia Orkiestry - został ponownie jej szefem w 1952 roku.
Era Karajana Wilhelm Furtwängler zmarł w listopadzie 1954 roku. W kwietniu następnego roku Berliner Philharmoniker wybrali na kierownika artystycznego Herberta von Karajana, który pozostanie z zespołem dłużej niż którykolwiek z dotychczasowych dyrygentów.
W swojej pracy z Orkiestrą kultywował jej dotychczasowe, charakterystyczne brzmienie, równocześnie osiągając bezprecedensową wirtuozerię, która przyniosła zespołowi ogromną sławę i zaowocowała niezliczonymi koncertami oraz nagraniami. Karajan rozszerzył ponadto działalność zespołu o kilka nowych obszarów. Orkiestra, powołując w 1967 roku międzynarodowy festiwal - Wielkanocny Festiwal w Salzburgu, zyskała możliwość oddziaływania również na kręgi operowe. Założona została także Akademia Berliner Philharmoniker, w której młodzi i utalentowani instrumentaliści byli kształceni pod okiem członków zespołu na przyszłych Filharmoników. Za czasów Karajana, w październiku 1963 r., wybudowana została także sala koncertowa według projektu Hansa Scharouna, zaś w 1987 roku powstała sala kameralna.
Claudio Abbado Herbert von Karajan zmarł w lipcu 1989 r., po prawie 35 latach pełnienia funkcji Dyrektora Artystycznego Orkiestry. Jego następcą został Claudio Abbado. Nie był on tego typu nauczycielem i reformatorem, jak jego poprzednicy, ale prowadził Orkiestrę kierując się wyraźną wizją artystyczną. Abbado wyraźnie przesunął akcenty w repertuarze Orkiestry. Każdy cykl koncertów otrzymał tematyczny motyw - np. "Faust", "Wędrowiec" lub temat "Muzyka jest rozrywką dla wszystkich". Wraz z unowocześnieniem koncepcji repertuarowych, odmłodzony został także sam zespół. Ponad połowa obecnych członków dołączyła do Orkiestry właśnie za czasów Abbado. W lutym 1998 r. Claudio Abbado ogłosił, że nie będzie przedłużał kontraktu na kolejny sezon, a w czerwcu 2002 roku Berliner Philharmoniker wybrali znaczną większością głosów nowego dyrygenta.
Sir Simon Rattle - Zukunft@BPhil Wraz z wyborem Sir Simona Rattle'a, Orkiestra pozyskała nie tylko jednego z najbardziej utalentowanych dyrygentów młodszego pokolenia, ale również wprowadziła szereg ważnych innowacji. Zmiana statusu orkiestry na fundację - Stiftung Berliner Philharmoniker - w dniu 1 stycznia 2002, pozwoliła stworzyć elastyczną strukturę organizacyjną, która zapewniła zespołowi szereg różnych możliwości twórczego rozwoju, przy jednoczesnym utrzymaniu rentowności. Fundacja korzysta z hojnego wsparcia Deutsche Bank, mającego od 7 lat status wyłącznego Mecenasa Orkiestry.
Jednym z obszarów współpracy tych dwóch instytucji jest projekt edukacyjny Zukunft@BPhil, powołany przez Sir Simona Rattle'a w 2002 r. Dzięki temu przedsięwzięciu orkiestra dociera do szerszego kręgu odbiorców - w szczególności do młodych ludzi.
Sir Simon Rattle ideę Zukunf@BPhil tłumaczy w następujący sposób: "Ten projekt przypomina nam, że
muzyka nie jest tylko luksusem, lecz że może zaspakajać podstawowe, ludzkie potrzeby. Muzyka powinna stanowić istotny element w życiu każdego".
Berliner Philharmoniker i jej dyrektor artystyczny za swoje nietuzinkowe podejście do muzyki zostali w 2007 roku mianowani ambasadorami UNICEF - wyróżnienie to po raz pierwszy w swojej historii zostało przyznane nie konkretnej osobie, a całemu zespołowi artystycznemu.
Dzięki dążeniu Fundacji Berliner Philharmoniker do angażowania w życie filharmonii szerszych grup odbiorców, od sezonu 2007/2008 wprowadzone zostały dwa nowe formaty koncertów. W ramach kameralnej serii "Alla turca", artyści ze Wschodu i Zachodu spotykają się w sali koncertowej, budując swoisty dialog kultur, zaś podczas bezpłatnych koncertów w czasie lunchu, odbywających się w każdy wtorek, prezentowane są wybitne dzieła muzyki kameralnej, w wykonaniu członków orkiestry.
W styczniu 2009, Berliner Philharmoniker wspólnie ze swoim partnerem, Deutsche Bank, rozpoczęli innowacyjny, wybiegający w przyszłość projekt: Digital Concert Hall - pierwszej na świecie cyfrowej filharmonii. Dzięki niej, koncerty Berliner Philharmoniker można oglądać na żywo i w czasie rzeczywistym za pośrednictwem Internetu. Transmisje są realizowane w gwarantującej doskonałą jakość technologii HD.
