W marcu 2009 r. Libicki, jeden z wyróżniających się (na plus) europosłów
PiS, przewodniczący Komisji Petycji PE. został usunięty z listy kandydatów partii Jarosława Kaczyńskiego do europarlamentu. Powodem miały być wątpliwości co do jego oświadczenia lustracyjnego - według informacji z
IPN, miał być w 1966 r. "operacyjnie wykorzystywany" przez wywiad PRL. W 1981 r. odnotowano, że wywiad wykorzystywał Libickiego "z uwagi na posiadane kontakty w Radio Wolna Europa".
Sam Marcin Libicki mówił: - Decyzja Prawa i Sprawiedliwości jest niesłuszna wobec mnie, niesłuszna wobec partii i szkodliwa dla Polski. To był błąd. Przykro mi, że zaowocuje osłabieniem PiS przed czerwcowymi wyborami do Parlamentu Europejskiego.
Prezes
Jarosław Kaczyński utrzymywał jednak, że decyzja w sprawie posła Marcina Libickiego zapadła po wnikliwej analizie racji obu stron. "Gazeta" ujawniła, że Kaczyński prosił o zlustrowanie Libickiego dwóch pracowników wrocławskiego oddziału Instytutu Pamięci Narodowej. Jeden z nich, Krzysztof Grzelczyk, wicedyrektor wrocławskiego IPN sprawą zainteresowany był osobiście. Miał być bowiem numerem trzy na liście wrocławskiego PiS, ale realne nadzieje na mandat dawała mu dopiero druga pozycja. Jej osiągnięciu sprzyjało wyeliminowanie Libickiego, bo zwalniało się pierwsze miejsce na liście PiS w okręgu wielkopolskim, które zajął poprzedzający Grzelczyka Konrad Szymański. Ostatecznie nazwisko wicedyrektora wrocławskiego IPN zniknęło z przedwyborczej giełdy.
Gdy PiS ujawnił swoje stanowisko w tej sprawie, europoseł Libicki oraz dwóch posłów - Jan Filip Libicki i Jacek Tomczak - zrezygnowali z członkostwa w Prawie i Sprawiedliwości. Wraz z nimi legitymacje partyjne złożyło kilku radnych miejskich i wojewódzkich.