Kłopoty Kościoła z brakiem dobrych procedur ujawniły się publicznie w 1995 r., kiedy austriackie media opublikowały oskarżenia wobec wiedeńskiego biskupa kard. Hansa Groera. Miał on molestować chłopców, wedle części doniesień także podczas spowiedzi.
Watykan najpierw milczał, a potem pojawiły się zarzuty o wrogość antyklerykalnej prasy. Wyłącznie naciski wiernych, którzy zagrozili, że w Wielkanoc zablokują Groerowi wejście do wiedeńskiej katedry, sprawiły, że kardynał poprosił o należną mu emeryturę, którą Watykan mu przyznał. Nikt w Kościele nie zajął się oficjalnie zarzutami, a Groer został opatem benedyktyńskiego klasztoru.
Dopiero groźba demonstracji podczas pielgrzymki
Jana Pawła II do Austrii sprawiła, że Watykan poprosił kard. Groera, aby opuścił Austrię.
Odpowiedź Kościoła była także niejasna, kiedy media w Irlandii zaczęły pod koniec lat 90. opisywać coraz liczniejsze przypadki wykorzystywania seksualnego w prowadzonych przez księży i zakonnice szkołach, bursach i sierocińcach. Władze Irlandii powołały pierwszą komisję do zbadania tych zarzutów już 1999 r., ale dopiero silny nacisk Benedykta XVI w ostatnich trzech-czterech latach przełamał opór części biskupów i władz zakonnych, które początkowo nie chciały współpracować ze śledczymi.
Komisja opublikowała druzgoczący raport w maju 2009 r., a kolejna państwowa komisja kierowana przez sędziego sądu najwyższego jesienią 2009 r. opracowała - także przy pomocy Kościoła - raport o tuszowaniu skandali w diecezji dublińskiej. Biskupi nie powołali własnej komisji śledczej, lecz - za namową Watykanu - współpracują w śledztwach z władzami świeckimi. Choć oznacza to, że nieprzedawnione przestępstwa mogą zostać ukarane, to
Kościół - jak zwracają uwagę organizacje ofiar księży - nie będzie miał własnej analizy, gdzie leżały dawne błędy poszczególnych biskupów w sprawie skarg na księży.
Skandale wywołały największe zmiany w przepisach Kościoła w
USA, który po publikacjach medialnych i pierwszych pozwach sądowych ofiar molestowania z 2002 r. zlecił prawnikom z uniwersytetu w Nowym Jorku opracowanie niezależnego raportu o pedofilii księży oraz polityce biskupów wobec oskarżeń wobec ich podwładnych.
Opublikowany w 2004 r. "John Jay Report" mówił o oskarżeniach wobec 4 proc. księży, spośród których - zdaniem specjalistów episkopatu USA - wiarygodny jest 1 proc. Jednocześnie poszczególne diecezje negocjowały odszkodowania dla ofiar.
Najważniejszym pokłosiem kryzysu w USA było jednak przyjęcie przez episkopat zasady "zero tolerancji" - ksiądz, któremu udowodniono choćby jeden przypadek molestowania, jest na zawsze odsuwany od pracy duszpasterskiej.
Przy wszystkich biskupach diecezjalnych powołano też koordynatorów zajmujących się skargami na księży oraz pięcioosobowe rady, które muszą składać się w większości ze świeckich niepracujących dla Kościoła, a więc niezależnych od niego finansowo i służbowo. Doradzają one biskupowi w sprawie zarzutów o pedofilię podwładnych.
W przypadku przenoszenia księdza do innej diecezji w USA jego były biskup ma obowiązek poufnego przekazania nowemu zwierzchnikowi wszystkich - nawet niepotwierdzonych - informacji o podejrzeniach o molestowanie. Część europejskich biskupów chce, aby te amerykańskie zasady uzupełniające ogólnokościelne prawo kanoniczne, które Watykan zatwierdził w 2003 r., stały się prawem obowiązującym w całym Kościele.
Na Amerykanach wzorował się episkopat Holandii, który powołał w tym roku niezależną komisję ds. zarzutów pedofilskich z byłym protestanckim ministrem edukacji na czele. Szerokie śledztwo zapowiada też Kościół w Niemczech, ale nie określił jeszcze jego precyzyjnych zasad. Niemieckojęzyczna diecezja Bolzano we Włoszech ogłosiła natomiast adres mailowy, na który można przesyłać donosy na księży pedofilów.
