Zadaniem wartego 5 mld rubli (ok. 500 mln zł) pojazdu było dolecieć do Fobosa, księżyca Czerwonej Planety, pobrać próbki gruntu i wrócić na Ziemię. Konstruktorzy przez wiele lat starannie przygotowywali się do tej niezwykle trudnej i najambitniejszej od ponad dwóch dekad rosyjskiej misji kosmicznej.
Skończyła się ona jednak szybko i to pełną klapą. Wystrzelony 9 listopada Fobos zagubił się po wejściu na orbitę ziemską, skąd miał ruszyć w kierunku Marsa. W podmoskiewskim Centrum Kierowania Lotami nie wiedziano ani gdzie jest, ani dlaczego jego silniki nie zechciały zaskoczyć i posłać w przestrzeń międzyplanetarną potężną, ważącą 13,2 tony sondę kosmiczną.
Zlokalizować Fobosa pomagał Rosjanom cały świat: Amerykanie, Chińczycy i Europejczycy. W końcu się to udało, ale statek nie reagował na sygnały z Ziemi, nie powiodły się kolejne próby uruchomienia silników. Swój lot sonda zakończyła 15 stycznia, spadając do Oceanu Spokojnego.
Rosjanie winę za niepowodzenie misji próbowali przypisać Amerykanom, którzy według nich uszkodzili statek kosmiczny. Odpowiedzialny za zbrojeniówkę wicepremier Dmitrij Rogozin zwrócił uwagę na to, że do częstych ostatnio awarii sputników rosyjskich dochodzi wtedy, kiedy znikają one z oczu Rosjanom, lecąc nad Stanami Zjednoczonymi. Według niego przyczyną może być to, że siły zbrojne
USA uderzają w rosyjskie sondy silnymi ładunkami elektromagnetycznymi wysyłanymi z mocnych radarów.
Rosjanie wskazywali, że z Fobosem mógł się rozprawić albo radar pracujący na Alasce, albo zainstalowany na Wyspach Marshalla.
Profesor Jurij Kubariew w wywiadzie dla gazety "Moskowskij Komsomolec" wysunął inną teorię. Jego zdaniem Amerykanie napełnili przestrzeń okołoziemską "kosmiczną plazmą", pod wpływem której wysiadły
komputery pokładowe Fobosa.
Roskosmos, który wyjaśniał przyczynę awarii sondy, badał wersje Rogozina i Kubariewa. Przeprowadzone w ramach dochodzenia eksperymenty dowiodły, że ani amerykańskie radary, ani plazma nie mogły uszkodzić pokładowej elektroniki.
Winnych znaleziono więc gdzie indziej. Jak ogłosił Popowkin, na Fobosie zainstalowano wiele importowanych podzespołów, które okazały się niskiej jakości podróbkami. Jak ustaliły rosyjskie media, pochodziły one z Chin. Zdaniem szefa Roskosmosu importowane mikroczipy w ogóle nie powinny być wysyłane w przestrzeń pozaziemską, bo nie były odporne na działanie promieniowania kosmicznego.
Gazety "Kommiersant" i "Moskowskij Komsomolec" podają jednak jeszcze inną wersję przyczyn fiaska misji Fobosa. Według biorących udział w dochodzeniu ekspertów błędy popełnili rosyjscy
programiści przygotowujący komputery sondy. Rozmówca "Komsomolca" zapewniał, że z takim oprogramowaniem "Fobos w ogóle nie mógł polecieć w kierunku Marsa".
Niepowodzenia rosyjskich misji są ostatnio bardzo częste. Rok temu zaraz po starcie do Oceanu Spokojnego spadło pięć satelitów nawigacyjnych wynoszonych w kosmos przez rakietę Proton M, wartych 250 mln zł. Wkrótce potem nie udało się umieścić na orbicie sputnika GEO-IK-2.
W sierpniu 2011 r. doszło do dwóch poważnych wypadków. Najpierw spadł na ziemię przeznaczony do transmitowania programów telewizyjnych sputnik Ekspress AM-4, a potem wysyłany do Międzynarodowej Stacji Kosmicznej aparat transportowy Progress M-12M.
