Kratiuk stanął przed sądem po prawie sześciu latach od złożenia przez komisję zawiadomienia przeciwko niemu. Według posłów PiS,
LPR i Samoobrony, którzy w ramach prac komisji szukali dowodów obciążających żonę b prezydenta Aleksandra Kwaśniewskiego, Kratiuk miał zataić w swoich zeznaniach fakt współpracy z Służbą Bezpieczeństwa w latach 80.
Jesienią 2005 r. prokuratura przyjęła zawiadomienie komisji i bardzo szybko sformułowała akt oskarżenia, bo w aktach
IPN Kratiuk występował jako kontakt operacyjny
SB o pseudonimie "AK". Prokuraturę pochwalił za szybkie działanie ówczesny minister sprawiedliwości Zbigniew Ziobro z PiS. Potem przez 4 lata w sprawie nic się nie działo, aż w lutym tego roku sąd oddalił zarzuty. Uzasadnienie: komisja Orlenu nie miała zajmować się lustracją tylko nieprawidłowościami w handlu ropą. - Jeśli komisja zadaje pytanie bezprawne, nie może żądać odpowiedzialności za fałszywe zeznania. Pytania nie dotyczyły zadań komisji, ale służyły skompromitowaniu osoby Andrzeja Kratiuka a poprzez niego b. prezydenta Aleksandra Kwaśniewskiego - powiedział sędzia Mariusz Stelmaszczyk.
Kratiuk: bezczelne kłamstwa prokuratury Prokuratura złożyła na to zażalenie i sąd apelacyjny nakazał by jednak zacząć proces. Poniedziałkowa rozprawa była pierwszą po tym zażaleniu. Ostre słowa pod adresem prokuratury Kratiuk wypowiedział, gdy prowadząca sprawę sędzia Katarzyna Rutkowska-Giwojno poprosiła go, by w swoim wystąpieniu nie rozwijał kwestii politycznego kontekstu procesu, bo są to "wątki oboczne". - To nie jest sprawa oboczna. To sprawa mojej pozycji zawodowej i mojego życia. Widząc, ze mamy do czynienia z polityczną hucpą i świadomą nieodpowiedzialnością muszę to głośno powiedzieć - odparł Kratiuk, ale zakończył swoje przemówienie.
Wcześniej upomnienia Kratiuka za emocjonalny ton wystąpienia i "obrażanie prokuratury" domagał się obecny na sali autor aktu oskarżenia prokurator Grzegorz Jaremko, którego szef fundacji oskarżył o "bezczelne kłamstwa" w aktach przekazanych sądowi. Chodziło o to, że Kratiuk należał do PZPR, a wewnętrzna instrukcja MSW zabraniała SB werbować członków partii, chyba że za zgodą pierwszego sekretarza szczebla wojewódzkiego. W aktach IPN nie ma takiej zgody, co zdaniem Kratiuka prokurator powinien ujawnić.
Kratiuk twierdzi, że nigdy nie współpracował z SB. Tłumaczy, że gdy w latach 80. był szefem warszawskiego oddziału Zrzeszenia Studentów Polskich musiał przyjmować w swoim biurze funkcjonariuszkę bezpieki, która kiedyś zresztą pracowała w ZSP. - Wszyscy ją znali i wiedzieli kim jest. Przychodziła do mojego sekretariatu wcześniej umówiona, przyjmowałem ją w obecności świadków i nie miałem pojęcia, że z tych rozmów powstają jakieś notatki a ja jestem traktowany jak współpracownik, nie spotykałem się z nią w sposób tajny, nie pisałem notatek ani nie pobierałem wynagrodzenia - wyliczał. Dodał, że ma żal do prokuratora, bo ten odrzucił wszystkie jego wnioski dowodowe, m. in. by przesłuchać osoby, które były obecne przy spotkaniach z funkcjonariuszką.
Po jego wystąpieniu prokurator Jaremko z kamienną twarzą zapytał: - To jak? Czy był pan kontaktem operacyjnym?
Kratiuk ponownie zaprzeczył.
Na tym sprawę przerwano. Na następny termin prokuratura wezwała Leszka Pustołowicza z IPN. Ma ocenić czy Kratiuka można określić mianem współpracownika SB. Nazwisko Pustołowicza, jest znane ze sprawy lustracji prezydenta Aleksandra Kwaśniewskiego. Tuż przed wyborami w 2000 r.
Urząd Ochrony Państwa dostarczył sądowi dokumenty mające świadczyć o związkach Kwaśniewskiego z bezpieką. Sprawa zakończyła się politycznym skandalem i oskarżeniami o próbę wywarcia przez służby presji na sąd. Pustołowicz był wtedy wiceszefem archiwów
UOP i razem z ich dyrektorem, Antonim Zielińskim, brał udział w wyszukiwaniu materiałów obciążających prezydenta. Wszczęto wtedy śledztwo w sprawie przekroczenia przez UOP uprawnień, ale zostało ono umorzone.