Na pochówek w kościele Piotra i Pawła najpierw zgodził się kardynał
Stanisław Dziwisz, ale w ostatniej chwili cofnął zgodę.
Z inicjatywą pochówku Janusza Kurtyki właśnie w tym miejscu, wystąpił
IPN, a rodzina zmarłego wyraziła na to zgodę. Według Marka Lasoty - szefa krakowskiego oddziału Instytutu Pamięci Narodowej i przyjaciela Janusza Kurtyki - był to dobry wybór. Lasota podkreślił wkład Kurtyki w odbudowywanie świadomości historycznej Polaków. Jego zdaniem był on tak znaczący, iż wydawało się, że mogiła byłego szefa IPN będzie symbolem nowego rozdziału w mówieniu o polskiej historii.
Janusz Kurtyka był uznanym historykiem. Specjalizował się w historii Polski średniowiecznej, potem zajął się historią najnowszą. Marek Lasota przyznał jednak, że jako szef IPN-u, Kurtyka mógł budzić kontrowersje. Jednak zaznaczył, że taki jest los szefa każdej instytucji państwowej. Lasota zauważył, że nad grobem powinno się jednak mówić raczej o zasługach.
Według posła Prawa i Sprawiedliwości Ryszarda Terleckiego, pracującego przez kilka lat w krakowskim IPN, za zmianą decyzji stoją "mali ludzie", którzy naciskali na kardynała. Zaznaczył, że gdy przyjdzie do pogrzebów osób, które jego zdaniem nie powinny już zabierać głosu w życiu publicznym - on sam nie będzie wówczas protestował nad miejscem ich pochówku. Nawet jeśli będą oni chowani w miejscach zaszczytnych - nie wypada według Terleckiego - wypowiadać się w tych kwestiach.
Szef Fundacji Panteonu profesor Franciszek Ziejka oświadczył, że nie namawiał kardynała Stanisława Dziwisza do odwołania zgody na pochówek Janusza Kurtyki. Ziejka powiedział dziennikarzom , że jego udział w tej sprawie polegał na przypomnieniu władzom kościelnym, zasad pochówku w kościele Piotra i Pawła. Profesor zwrócił się w tej sprawie do najbliższych współpracowników kardynała Dziwisza - jak powiedział - na prośbę i w porozumieniu z Prezesem Polskiej Akademii Umiejętności oraz Rektorem Uniwersytetu Jagielońskiego jako Przewodniczącym Kolegium Rektorów Szkół Wyższych Krakowa. Ziejka tłumaczył, że o zasadach pochówku ma decydować 9-osobowa Kapituła Panteonu, a w tym przypadku nikt nie zapytał Kapituły o zdanie. Podkreślił jednocześnie, że dobrze znał, lubił i szanował Janusza Kurtykę.
W kościele Świętych Piotra i Pawła trwa teraz czuwanie przy trumnie Janusza Kurtyki. Prezes IPN-u zostanie pochowany w piątek w Alei Zasłużonych na Cmentarzu Rakowickim w Krakowie.
