Trybunał ocenił tylko dwa przepisy dotyczące Komisji - te, których nie zlikwidowała niedawna rządowa nowelizacja. Pozostałe jako nieobowiązujące umorzył. Za sprzeczny z konstytucją uznał przepis, który odsyła do rozporządzenia w sprawie trybu odbierania samorządom i przekazywania Kościołowi przez Komisję tzw. mienia zamiennego. Stosowano go w sytuacjach, gdy - z różnych względów - nie można było oddać tego, co za PRL-u Kościołowi zabrano. Trybunał zgodził się z wnoszącym skargę
SLD, że narusza to zasadę, by tylko ustawa decydowała w sprawie konstytucyjnych praw i wolności.
Sędzia sprawozdawca Mirosław Granat podkreślił, że wyrok nie daje samorządom podstaw do wznawiania postępowań w sprawie przekazanego już Kościołowi mienia zamiennego. Na konferencji prasowej przyznał natomiast, że samorządy mogą się jednak ubiegać o odszkodowanie od skarbu państwa za tzw. bezprawie legislacyjne, czyli za to, że padły ofiarą przepisu, który okazał się sprzeczny z konstytucją.
Według prawa takie odszkodowanie może rekompensować nawet w całości wartość utraconego mienia. A większość kwestionowanych przez samorządy decyzji Komisji dotyczyła właśnie mienia zamiennego. Mimo umorzenia większości skargi SLD wyrok Trybunału może więc pomóc samorządom wyrównać straty. A jednocześnie nie uszczupla w niczym tego, co dostał
Kościół. W sprawozdaniu kończącym prace Komisji podano: przez 20 lat działania przekazała ona Kościołowi w ramach rekompensat i odszkodowań ponad 990
nieruchomości, w tym 65,5 ha ziemi i 143,5 mln zł w gotówce.
Trybunał nie ocenił, czy sprzeczne z konstytucją było to, że Komisja Majątkowa złożona z przedstawicieli Kościoła katolickiego i urzędników
MSWiA decydowała o przekazywaniu Kościołowi mienia samorządów lokalnych bez ich udziału i bez prawa do odwołania. Przepisy dotyczące tego po przeprowadzonej w marcu rządowej nowelizacji już nie obowiązują i dlatego postępowanie w tej części skargi zostało umorzone. Nie zgodziło się z tym dwoje sędziów - Sławomira Wronkowska-Jaśkiewicz i Adam Jamróz.
- Na wyrok czekaliśmy aż dwa i pół roku. Widać zmowę rządu, Episkopatu i Trybunału - skomentował umorzenie współautor skargi Sławomir Kopyciński z SLD.
- To insynuacja i kłamstwo! Trybunał wtedy orzeka, gdy dojrzeje do orzekania. I nikt nie będzie mu dyktował, kiedy to ma nastąpić - odpiera zarzut prezes Trybunału Andrzej Rzepliński.
Bp
Tadeusz Pieronek: - Wyrok uspokoi atmosferę. Wreszcie nie będzie podstaw do posądzeń wobec Kościoła katolickiego. Trybunał pokazał, że nie jest podatny na manipulacje polityczne i akcje przeciwników Kościoła. Czym innym jednak jest sprawdzenie, czy jakieś orzeczenia Komisji Majątkowej były niezgodne z prawem. Jeśli doszło do naruszenia prawa, to trzeba to wyjaśnić i nikt przeciwko temu protestował nie będzie.
Andrzej Oklejak, pełnomocnik prezydenta Krakowa do spraw prawnych: - Sędziowie tak naprawdę uchylili się od oceny sytuacji, jaką wywołały kontrowersyjne orzeczenia Komisji Majątkowej. Powołując się na to, że ustawa o Komisji już nie działa, zapomnieli, że nie tak dawno zajmowali się przepisami stanu wojennego, które też nie obowiązują. Sprawa Komisji i tak wróci, choćby w sądzie administracyjnym, bo gmina Kraków złożyła skargę na cztery orzeczenia Komisji Majątkowej.