Dzięki dziennikarzom śledczym oraz raportom Rady Europy, Human Rights Watch, Parlamentu Europejskiego i ONZ-owskiej komisji ds. zapobiegania torturom wiemy, że "czarne dziury" prawdopodobnie ulokowano w Polsce, Rumunii, Tajlandii, Iraku, Afganistanie, kilku krajach Afryki Północnej i na 17 amerykańskich okrętach na Pacyfiku i Oceanie Indyjskim.
W 2006 r. prezydent
USA George W. Bush przyznał, że tajne więzienia istnieją (chociaż większość została zamknięta). Z doniesień mediów i raportów Rady Europy wiemy, że co najmniej 14 krajów pozwoliło
CIA używać swych lotnisk do transportu więźniów. Większość tych krajów, w tym
Wielka Brytania, Niemcy, Włochy i Hiszpania, albo odmówiła wszczęcia śledztw w tej sprawie, albo śledztwa przeprowadziła bez ujawniania ustaleń.
Specjalna komisja Parlamentu Europejskiego zapisała w swoim raporcie, że władze Polski nie chciały z nią współpracować, w 2006 r. polski rząd i Sejm całkowicie zlekceważyły delegację europosłów.
"Czarne dziury" powstały na podstawie dekretu Busha tuż po atakach 11 września 2001 r. Prezydent zgodził się, by stosowano w nich "nadzwyczajne metody przesłuchań", znane CIA od czasów wojny w Wietnamie. Chodziło m.in. o podtapianie, pozbawianie snu i przetrzymywanie w celach jaskrawo oświetlonych przez całą dobę. Do 2003 r. Biały Dom odebrał CIA prawo do stosowania większości tych metod.
W 2007 r. dyrektor CIA Michael Hayden stwierdził, że Agencja nie stosowała żadnych nielegalnych metod przesłuchań, a przez "czarne dziury" przeszło najwyżej sto osób. Większość z nich siedzi dziś w Guantanamo.
Pod koniec 2007 r. amerykańscy kongresmeni, którzy prowadzili własne śledztwo w sprawie więzień, ustalili, że dwa lata wcześniej CIA zniszczyła wszystkie taśmy
wideo z przesłuchań, podczas których stosowano tzw. nadzwyczajne metody. Agencja twierdziła, że to dla ochrony przesłuchujących oficerów.
W styczniu 2009 r. nowy prezydent Barack Obama odebrał CIA prawo prowadzenia tajnych więzień i nakazał jej oficerom stosowanie podczas przesłuchań podejrzanych o terroryzm tylko tych metod, które od lat dopuszczone są w regulaminach dla wojskowych prokuratorów i żandarmów. Trzy miesiące później CIA poinformowała, że ostatnie "czarne dziury" zostały zamknięte.
Doniesienia o tajnych więzieniach w krajach dawnego bloku wschodniego najostrzej dementowane były przez władze Polski. Oficjalnie przyznawały tylko, że na lotnisku wojskowym w Szymanach lądowały nieoznakowane samoloty wynajęte przez CIA. Pasażerami mieli być specjaliści przerzucani z Iraku i Afganistanu. Raporty Rady Europy i organizacji humanitarnych odrzucano jako nieprawdziwe.
Jednak latem 2008 r. prokuratura wszczęła śledztwo. Nadano mu klauzulę "ściśle tajne". Przesłuchani zostali szefowie służb specjalnych i najwyżsi urzędnicy z okresu rządów
SLD.
"Gazeta" napisała wtedy, że jednym z dowodów, którymi dysponują śledczy, jest notatka Agencji Wywiadu potwierdzająca istnienie na terenie Polski ośrodka CIA. Jesienią 2008 r. w dokumencie TVN w reżyserii Ewy Ewart pt. "Tajemnicze loty" po raz pierwszy pokazano dowód na to, że w Szymanach lądowały samoloty CIA. Był to dokument administracji lotniska. W 2009 r. "Rzeczpospolita" napisała, że loty maszyn wynajętych przez CIA były przy udziale polskich służb ukrywane przed europejskimi instytucjami kontrolnymi (Eurocontrol). W 2010 r. Fundacja Helsińska uzyskała wykaz lotów odrzutowców wynajętych przez CIA. Wynikało z niego, że część pasażerów musiała zostawać w Polsce. W tym samym roku "Gazeta" podała, że politycy SLD, którzy zezwolili na powstanie ośrodka CIA, mogą stanąć przed Trybunałem Stanu. W grę wchodziły nazwiska Aleksandra Kwaśniewskiego (ówczesny prezydent), Leszka Millera (premier) i Krzysztofa Janika (szef MSWiA)
W 2011 r. w śledztwie uznano za pokrzywdzonych dwóch Saudyjczyków twierdzących, że więziono ich w Polsce i że byli poddawani torturom podczas przesłuchań.