Pomysł Szybkiej Kolei Miejskiej (SKM) zrodził się w warszawskim ratuszu na potrzeby kampanii wyborczej PiS. Prezydentem Warszawy był wówczas Lech Kaczyński, za komunikację natomiast odpowiadał Andrzej Urbański, będący jego zastępcą. Szybka Kolej miała usprawnić poruszanie się w obrębie aglomeracji warszawskiej, tymczasem okazała się niewypałem. Pod koniec 2004 roku odbył się przetarg na dostawę wagonów dla kolei. Mimo, że projektem było wstępnie zainteresowanych 18 firm, ofertę złożyła tylko jedna - ZNT z Nowego Sącza (dzisiejszy Newag) i to ona zdobyła kontrakt wart 55 mln zł. Sprawą przetargu zajęła się prokuratura w związku z podejrzeniami o faworyzowanie przez ratusz nowosądeckiej spółki. Okazało się, że właściciel Newagu, Zbigniew Jakubiec, był powiązany z Urbańskim. Do 2000 roku należało do niego "Życie Warszawy", w którym Urbański sprawował funkcję redaktora naczelnego. Szef Kancelarii Prezydenta twierdzi jednak, że ze sprawą SKM nie miał nic wspólnego. Jego zdaniem nadzór nad komunikacją w ratuszu sprawował nie on, lecz Sławomir Skrzypek, a o wynikach przetargu dowiedział się długo po jego rozstrzygnięciu.
W lutym 2006, zaledwie miesiąc po tym, jak Urbański został szefem Biura Bezpieczeństwa Narodowego, rozpoczęła się procedura jego awansu wojskowego. Sztab Generalny zażądał od stołecznej Wojskowej Komendy Uzupełnień Praga Południe wystąpienia z wnioskiem o mianowanie go na stopień oficera, mimo, że nie spełniał on wymaganych kryteriów. Urbański nie odbył dziesięciodniowych ćwiczeń wojskowych i nie mógł być na nie wezwany bo nie figurował już w ewidencji wojskowej. Znalazło się jednak wyjście z sytuacji. Szef Biura Bezpieczeństwa wziął udział w siedmiodniowych ćwiczeniach z zarządzania kryzysowego NATO, dzięki czemu uzyskał zgodę ministra Sikorskiego na nominację. Kiedy sprawa wyszła na jaw Urbański był zaskoczony i zaprzeczył, jakoby sam występował o awans.
W marcu 2006 prezydent Lech Kaczyński odznaczył gen. Wojciecha Jaruzelskiego Krzyżem Zesłańców Sybiru. Kiedy sprawę nagłośniły media Urbański, odpowiedzialny za działania Kancelarii Prezydenta, winą za zajście obarczył swoich pracowników. Ci, ponoć bez wiedzy Biura Kadr i Odznaczeń, wpisali Jaruzelskiego na listę nominowanych, po czym przekazali ją do podpisu Kaczyńskiemu.
Przed przyjazdem Benedykta XVI do Polski szeroko dyskutowano kwestię przedterminowych wyborów. Zdecydowanie przeciw przeprowadzeniu ich w maju, miesiącu pielgrzymki, występował kardynał Stanisław Dziwisz. Urbański ostro skrytykował wówczas wypowiedź kardynała, zaznaczając, że o politycznej przyszłości Polski decydować będą Polacy, a nie jeden kardynał.
