Wznowienia śledztwa domagał się prokurator Andrzej Witkowski z lubelskiego IPN. Na podstawie zebranych przez niego materiałów tygodnik "Wprost" i telewizja Polsat pod koniec ubiegłego roku podważały tezę, że ks. Popiełuszko zginął 19 października 1984 r., tego samego dnia, gdy porwali go funkcjonariusze SB. Na podstawie ustaleń Witkowskiego ukazała się również książka pt. "Kto naprawdę Go zabił".
Autorzy tych publikacji twierdzili, że ksiądz po porwaniu przez SB był więziony i torturowany, a zamordowano go dopiero po kilku dniach. Przytaczali relacje świadków, którzy mieli widzieć, jak 25 października 1984 r. wrzucono do zalewu we Włocławku zwłoki księdza. Sugerowali również, że sprawcami zbrodni nie są skazani za to esbecy, lecz inne osoby.
Zainteresował się tym minister sprawiedliwości, a IPN w Katowicach, który cały czas prowadzi śledztwo mające ustalić inspiratorów zabójstwa, wystąpił do prokuratury w Toruniu z pytaniem, czy są podstawy do wznowienia postępowania w sprawie okoliczności śmierci kapelana "Solidarności".
Jednocześnie w oficjalnych wypowiedziach prof. Witold Kulesza, szef pionu śledczego IPN, oraz prokuratorzy z Katowic mówili, że nowe dowody nie są mocne. Teraz ich zdanie potwierdziła prokuratura w Toruniu.
- Ważne jest, że to postępowanie toczyło się pod nadzorem prokuratury krajowej. Oczywiście nie wykluczam, że jeśli znajdą się nowe istotne dowody, do sprawy wrócimy. Na razie nie ma podstaw, by podważać ustalenia procesu toruńskiego, w którym w 1984 r. skazano sprawców zbrodni - mówi prof. Kulesza.
Nieoficjalnie prokuratorzy IPN twierdzą, że informacje o nowych okolicznościach zabójstwa księdza rozpowszechniane były przez osoby związane ze skazanymi esbekami albo nawet przez nich samych. - Co jakiś czas pojawiają się takie rewelacje. Moim zdaniem mordercom chodzi o to, by zaciemnić sprawę, a być może nawet doprowadzić do rehabilitacji - twierdzi jeden z prokuratorów IPN.
